A titkos MiB szervezet legújabb újonca, M ügynök (Tessa Thompson) hirtelen a hős H ügynök (Chris Hemsworth) oldalán találja magát, amikor két alakváltó intergalaktikus bérgyilkos likvidál egy szintén földönkívüli arisztokratát. Mindezt épp a Földön. Hamar rájönnek, hogy egy olyan űrfegyverért folyik az ádáz harc, amivel elpusztítható az egész galaxis. A két ügynök, M és H mindent megtesznek, hogy megszerezzék a bolygón elrejtett fegyvert, ám a bizalmatlanság és az árulás megkörnyékezi az egykor megvesztegethetetlen ügynökséget. Minden jel arra vall, hogy tégla van közöttük.