A jövőben egy gyilkos vírus elpusztította a Föld lakosságának 99%-át. Csupán egy fallal körülzárt, védett városállam, Bregna élte túl az emberiséget sújtó pusztulást. Bregnában látszólag tökéletes az élet, az emberek harmóniában élnek egymással, egy tudósokból álló kongresszus irányítása alatt. A valóság azonban egészen más képet mutat: a városállam életét általános riadalom és belső villongások jellemzik. Amikor Aeon Flux, a Monican nevű titkos mozgalom vezető ügynöke azt a feladatot kapja, hogy a készülő forradalom érdekében ölje meg az egyik kormányzati vezetőt, egy titokzatos világba nyer bepillantást.