Élesen bírálta a Magyar Tudományos Akadémia átszervezését, és Palkovics László minisztert Pálinkás József. Az akadémikus szerint harcolni kell az MTA önállóságáért - erről a Magyarul Balóval hétfő esti adásában beszél. Az Innovációs Hivatal egykori elnöke azt is elmondta, nyíltan jelezte a miniszterelnöknek, hogy nem akar együtt dolgozni Palkovics Lászlóval.